A történet befejeztével, az utolsó nagy jelenet során Shepard parancsnok a végső döntés előtt találja magát. A játékos dönthet úgy, hogy elpusztítja a Kaszásokat, vagy dönthet úgy, hogy átveszi felettük az irányítást, gyakorlatilag megszelídíti a pusztítókat és Shepard önfeláldozásával a parancsnok úgymond a gépek kollektív lelkiismeretévé válik, akik aztán segíteni fogják a szerves fajokat.
A közönség nem volt elragadtatva. Igazából mindenki úgy érezte, hogy a trilógia lezárása a legkevésbé sem felelt meg az elvárásaiknak. Hogy valami értelmet találjanak az egészben, a kreatív rajongók elkezdtek különböző elméleteket gyártani azzal kapcsolatban, hogy mit is jelenthet ez a végkimenetel.
Szárnyra kapott az indoktrináció–elméletnek keresztelt elgondolás. Ez az elmélet úgy érvel, hogy a trilógia legutolsó jelenete teljes egészében Shepard elméjében játszódik. A három rész alatt a Kaszások lassan, de biztosan megpróbálták indoktrinálni és a saját oldalukra állítani Shepard parancsnokot, és a végső döntés határozza meg, hogy sikerrel jártak–e.
Ha a játékos az irányítás–opciót választja, Shepard parancsnok meghal, és az indoktrináció–elmélet úgy érvel, a Kaszások győzedelmeskednek.
Ha a játékos a Kaszások elpusztítását választja, az az egyetlen végkimenetel, ahol Shepard parancsnok túlélheti a történetet. Igaz, ebből a túlélésből csak egy pillanatot látunk, amikor a legutolsó képkockákon Shepard romok között heverő, látszólag élettelen teste fellélegzik – majd megjelenik a stáblista.
Az indoktrináció–elmélet annyi bizonyítékot sorol fel, hogy az ember nem győz válogatni közöttük. A rajongók számos több órás videót készítettek a bizonyításáról. Az egyik meggyőző érv, például, hogy amikor Shepard parancsnok a Kaszásokat irányító intelligenciával beszél a végső döntés előtti pillanatokban, ez az intelligencia egy olyan gyermek alakját veszi fel, akit a történetben egyedül Shepard látott. A harmadik rész legelején, a Kaszások támadásakor megpillantott egy gyermeket, aki beszállt egy menekülésre kész járműbe, de a felszállás pillanatában a járművet elpusztították, az utasok pedig kétségtelenül szörnyethaltak. A gyermek képe ezután újra meg újra megjelenik Shepard parancsnok rémálmaiban a játék során, végül pedig az utolsó jelenetben köszönt vissza, mint a Kaszások avatárja. Ha az avatárral folytatott beszélgetés valóban csak a parancsnok fejében zajlott, az megmagyarázza, miért ezt az alakot vette magára a teremtmény.
Mint ahogyan az is perdöntő érv, hogy amikor a játékos a pusztítás mellett dönt, és Shepard túléli az eseményeket, olyan törmelékek között ébred, amiket kizárólag a Földön lehetne találni – miközben a végső döntést a Fellegvár steril és teljesen törmelék és kőzetmentes környezetében hozta meg.
Végül pedig: a történet során azok a szereplők, akik irányítani akarták a Kaszásokat azok elpusztítása helyett, egytől egyig indoktrináltak voltak és a Kaszásoknak dolgoztak. A Mass Effect első részében az ősi protián gépezet számol be arról, hogy voltak a tudósaik közülük néhányan, akik irányítani akarták a gépeket, és túl későn derült ki, hogy csupán a gépek bábjai voltak. Egy másik kulcsfontosságú szereplő megpróbálja rábeszélni a parancsnokot, hogy a Kaszások megtartása és irányítása az emberi faj fejlődésének a kulcsa – és róla is kiderül, hogy csupán báb volt.
Az allegória–elemzésünkhöz visszatérve, a végső érv az indoktrinációs–érv mellett az, hogy a filozófiai tartalma tökéletesen illeszkedik ahhoz, amit eddig megismertünk.
A gyermek Shepard gyermeki énjét szimbolizálja. Ahogyan a kezdetben láttuk az indoktrináció kapcsán, a gyermekkorunkban alakul ki mindannyiunk kapcsolata a hatalommal. A politikai indoktrináció a gyermekkorban kezdődik, és az embernek mindig felül kell bírálnia a gyermekkori tapasztalatait, ha felülbírálja a politikai nézeteit. Ahogyan elkezdi látni, hogy az Állam nem „a saját érdekében” uralkodik fölötte és adóztatja meg, úgy azt is elkezdi látni, hogy nem „a saját érdekében” kényszerítették az Állam indoktrinációs intézeteibe.
És ami ennél is fontosabb, az autoritárius gyermeknevelés már az iskola előtt elszórja a hatalomnak való engedelmesség magjait a gyermeki elmében. A gyermek tűri a verést, a büntetést, a kiabálást, a szeretetmegvonást, a toxikus nevelés számos formáját, – és nem látja a valóság fényében a bántalmazást, amit elszenved. És miközben mind a társadalom, mind a gyermek azt feltételezi, a szülő pedig kitartóan bizonygatja, hogy a büntetés a gyermek érdekében történik és objektíven hasznos dolog a gyermek számára – hogy a szülők mindig azért bántalmazóak és elnyomóak, mert a bántalmazás és az elnyomás az áldozat érdekében áll, az áldozat szükséglete. Ebben gyökerezik az Államról alkotott hobbesi nézet, amit aztán az állami oktatás megerősít és egy több mint egy évtizeden át tartó totalitárius, egyoldalú hatalomgyakorláson keresztül normalizál.
Ahogyan a zseniális pszichológus, Alice Miller megfogalmazta:
A tanár engedelmességre készen kapja kézhez a gyermeki elme termőtalaját, a politikai vezetőnek pedig csupán le kell aratnia azt, amit előzőleg elvetettek.
Az államizmus mindig a gyermekkorban kezdődik. És pusztítás vagy az irányítás közötti döntés, amit a gyermek felajánl Shepard parancsnoknak, annak a lehetősége, hogy az ember felülbírálja a kapcsolatát a hatalommal.
